Das Hündfelder Moor ist Bestandteil eines ehemaligen grenzüberschreitenden Hochmoorkomplexes, der die heutigen Schutzgebiete Aamsveen auf niederländischer Seite sowie das Naturschutzgebiet Amtsvenn und Hündfelder Moor auf deutscher Seite umfasst. Das Hündfelder Moor ist Bestandteil des Natura 2000-Gebietes "Amtsvenn und Hündfelder Moor"; es ist gleichzeitig nach der EU-Vogelschutzrichtlinie als Bestandteil des Europäischen Vogelschutzgebietes "Moore und Heiden des westlichen Münsterlandes" ausgewiesen.
Im Gebiet wurde mit Wirkung der ersten Naturschutzgebietsverordnung aus dem Jahre 1979 jegliche Nutzung und damit auch der Torfabbau verboten; die dazu angelegten Entwässerungsgräben wurden zunächst so belassen. Die Wiedervermoorung im Gebiet begann erst, nachdem zahlreiche kleinere und größere Wiedervernässungsmaßnahmen durch die Biologische Station Zwillbrock durchgeführt worden waren. Parallel dazu begann mit dem Aufbau der Moorschnuckenherde durch die Schäferei Moorhof der Biologischen Station die Beweidung der ehemaligen Moorflächen mit dem Ziel, die weitere Verbuschung und Bewaldung der Flächen zu verhindern.
Von 1998 bis 2003 wurden im Rahmen eines so genannten life-Projektes auf größerer Flächen Vernässungs- und Entkusselungsmaßnahmen durchgeführt. In der Summe haben sich viele Flächen inzwischen positiv entwickelt: Großflächig sind auf dem abgetorften Hochmoortorf inzwischen Heideflächen mit Besenheide und Glockenheide vorhanden; vielversprechende Vermoorungen finden sich in den Senken, ehemaligen Gräben und Torfstichen.
Das Hündfelder Moor ist zum Schutz der störungsempfindlichen Brut- und Rastvögel in weiten Teilen für Besucher nicht zugänglich. Im Norden befindet sich an der B70 ein Wanderparkplatz, von dem aus Sie einen grenzüberschreitenden Rundgang durch das nördliche Hündfelder Moor und das niederländische Aamsveen machen können.
Den besonderen Wert des Gebietes machen seine Moor-Lebensräume, die Großflächigkeit nährstoffarmer Lebensräume sowie die weitgehende Ungestörtheit der Flächen aus. Es hat daher auch für zahlreiche Vogelarten eine wichtige Funktion als Brut- und Rasthabitat.